根据《中共海南省委办公厅海南省办公厅关于印发〈三亚市机构改革方案〉的通知》(琼办发[2009]40号)，设置三亚市海洋与渔业局，为三亚市主管全市海洋与渔业工作的市政府组成部门。
一、职责调整
(一)取消的职责:
已由省政府和市政府公布取消的行政审批事项。
(二)增加的职责:
1、负责30总吨以下驾驶类、45千瓦以下的轮机类沿海近岸职务船员证书的签发;
2、负责渔业普通船员海上救生、船舶消防救生筏操纵、海上急救等项目考核发证;
3、负责小型渔船监督管理;
4、负责渔业船舶普通船员证审批;
5、负责27公顷以下的围填海项目的审批。
(三)加强的职责:
加强海洋经济和我居民海岛管理的职责。
二、主要职能
(一) 贯彻执行国家和省有关海洋与渔业工作的方针政策、法律法规;依法拟定本市海洋与渔业工作的办法、措施和规范性文件，以及发展规划、计划。
(二)负责全市海洋经济运行监测、评估及信息发布、实施海洋综合管理、协调各部门各行业的海洋开发活动;会同有关部门提出优化海洋经济结构、调整海洋产业布局的建议。
(三) 负责全市海洋海岛资源管理。组织拟定本市海洋功能区划、海域使用规划、海岛保护与利用规划、海洋资源开发利用规划和海洋产业发展规划;拟定本市海岸、海洋开发和重要海区综合利用和渔业发展的规划。
(四) 参与本市海域勘界工作;监督管理全市海域(海岸带、无居民海岛)的使用，按规定颁发海域使用许可证、实施海域有偿使用制度;审核无居民海岛保护与利用申请;查核海洋、海岸开发建设项目，以及管理海底电缆、管道的铺设;参与涉海开发项目的规划审查和项目研讨。
(五) 负责全市海洋渔业资源的管理。指导渔业发展的产业结构调整;组织实施海洋捕捞强度控制方案、伏季休渔制度和指导渔业资源监测工作;负责水产养殖种苗的管理和水生野生动植物的保护;海洋滩涂和内陆水域渔业开发利用工作。
(六) 负责全市海洋环境与渔业水域生态环境保护工作。拟定全市海洋与渔业环境保护与整治规划，组织实施污染物排海标准和总量控制制度。依法负责全市防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作，协助有关部门做好防治陆源污染物和海岸建设项目对海洋污染损害的环境保护工作。管理海洋与渔业水域环境的调查、监测、监视和评价及渔业水域生态的环境保护工作;负责组织编报、调整海洋自然保护区和特别保护区;核准海洋工程项目和海岸工程的环境影响报告书。
(七)管理防止海洋灾害监测、预报网络等公益服务系统。发布本市海洋环境预报、海洋灾害警报和海洋环境通报。配合有关部门做好渔业海上搜救工作。
(八)根据国家规定对本市行使海洋、小型渔业船舶检验和渔政、渔港监督管理职能。
(九)负责海洋与渔业基础数据和信息管理工作。
(十)组织指导本系统工作人员的教育培训、队伍建设和有关海洋与渔业的科学研究、技术推广。
(十一)承办市政府和上级部门交办的工作。