水分含量的差异导致营养成分浓度不同。新鲜香菇的含水量通常在85%至90%左右，干香菇经过热风或日晒干燥后，含水量降至10%至13%。以相同重量比较时，干香菇的蛋白质、膳食纤维、矿物质和维生素等营养物质的干重占比明显高于鲜香菇。但如果按照同一数量的鲜香菇与泡发后的干香菇进行对比，两者的实际营养摄入量差距会明显缩小，因为干香菇在泡发后会重新吸收水分，恢复至接近鲜香菇的含水状态。
干香菇在干燥过程中生成了更多的鸟苷酸。鸟苷酸是一种呈味核苷酸，能够增强食物的鲜味感受。新鲜香菇中鸟苷酸含量较低，主要鲜味来源是鸟苷酸的前体物质。经过干燥处理尤其是日晒干燥时，香菇中的酶会将核糖核酸分解为鸟苷酸，使其含量显著上升。这就是为什么干香菇炖汤时鲜味更加浓郁的原因。但从营养学角度，鸟苷酸主要影响风味感受，并不直接提供蛋白质或矿物质等基础营养。
干香菇在干燥和储存过程中部分维生素会有所损失。新鲜香菇中含有一定量的B族维生素和维生素D的前体物质——麦角甾醇。在日晒干燥过程中，麦角甾醇可以转化为维生素D，使干香菇的维生素D含量有时反而高于新鲜香菇。但这一转化需要紫外线照射的配合，采用热风烘干工艺加工的干香菇，维生素D转化程度较低。另一方面，维生素B1、B2等水溶性维生素在干燥和长期储存中会有不同程度的下降，泡发时如果丢弃浸泡液，也会导致部分流失。
矿物质的保留情况两者差异不大。香菇中的钾、磷、镁、铁、锌等矿物质元素对热相对稳定，干燥处理不会造成明显损失。干香菇泡发后，少量矿物质会溶解到泡发水中，但大部分仍保留在菇体中。将泡发干香菇的水用于烹饪，可以减少矿物质的流失。新鲜香菇在清洗和烹饪过程中也会有一部分水溶性矿物质进入汤汁，但总体而言，两者在矿物质含量上没有本质区别。
干香菇与鲜香菇各有适用场景，可根据烹饪需求选择。需要浓郁鲜味的汤品或炖菜，例如香菇鸡汤、红烧肉配香菇、香菇卤肉饭等，适合选用干香菇，泡发后连水带菇一同下锅。需要口感肥厚、质地滑嫩的菜肴，例如香菇油菜、蚝油香菇、烤香菇串、酿香菇等，适合选用新鲜香菇。日常膳食中交替使用两者，可以获得不同的风味体验和相对全面的营养摄入。下表对两者的主要差异进行了汇总对比。