枸杞变黑通常是氧化导致的，可以吃。枸杞中含有较多的类胡萝卜素和花青素，这些色素在空气中会慢慢氧化，颜色从鲜红色变为暗红色或深褐色。氧化后的枸杞颜色变深，但营养成分并没有大量流失，只是卖相没那么好看。只要枸杞颗粒还是干燥、松散的状态，没有粘连成团，没有霉斑，闻起来只有淡淡的酸甜味或药香味，就可以正常食用。氧化变黑的枸杞泡水后水色会偏深，但不影响口感和安全。
枸杞发粘、有霉味就不要再吃了。枸杞含糖量较高，一般在40%到60%之间，如果保存不当受潮，糖分会析出，枸杞表面变得粘手，容易滋生霉菌。受潮霉变的枸杞会有以下特征：颗粒粘连在一起，用手捏感觉湿软；表面出现白色、灰绿色或黑色的霉斑；闻起来有酸败味、霉味或类似酒糟的发酵味；泡水后水色浑浊，味道发苦。出现这些情况的枸杞不建议食用，因为霉菌可能产生毒素，即使清洗或高温煮过也无法完全去除。
保存枸杞的关键是密封、干燥、低温。枸杞怕潮不怕干，只要保持干燥就能长期保存。买回来的枸杞如果不是真空包装，要转移到密封罐或密封袋中。玻璃罐、陶瓷罐比塑料袋更靠谱，罐子要洗净晾干，不能有水。装入枸杞后盖紧盖子，放在阴凉干燥处，避免阳光直射。夏天温度高、湿度大，建议把枸杞放入冰箱冷藏室保存，低温可以延缓氧化和糖分析出。冷冻也可以，但冷冻后的枸杞解冻时容易吸潮，每次取用后要立即放回。开封后的枸杞要在半年内吃完，存放时间越长，颜色越暗。
挑选和预处理也能延长保存时间。买枸杞时选择颜色自然、颗粒饱满、干燥不粘手的。颜色过于鲜艳、通体红亮的枸杞可能是用硫磺熏过的，这种枸杞存放时间长了反而更容易变质。买回家的枸杞如果觉得表面有灰尘，可以快速冲洗一下，但洗过后必须彻底晒干或烘干再装瓶。没有烘干条件的话，不建议水洗，直接装瓶保存即可。枸杞的果柄处容易藏匿虫卵，如果发现枸杞里有小虫子，可以把枸杞铺在烤盘上，烤箱50℃烘烤20分钟，或者放在太阳下暴晒一天，杀死虫卵后再密封保存。
枸杞的日常取用注意卫生。每次取枸杞时用干净干燥的勺子，不要用手直接抓，手上的汗液和油脂会带入罐中。取完后立刻盖紧盖子，不要敞着口。如果罐中已经出现少量粘连的枸杞，可以挑出来单独存放，尽快用掉。