先处理薏米与芡实。薏米颗粒紧实，芡实圆硬，两者均需提前用凉水浸泡至少4小时，或隔夜浸泡。浸泡后的水不要倒掉，可静置取上层清液备用，下层细渣弃去，这样能保留部分水溶性成分。茯苓多为干制丁块，质地轻浮，无需长时间浸泡，用清水漂洗两遍，去掉表面浮尘即可。
煮制时宜分次下料。将泡好的薏米与芡实放入砂锅或陶瓷煲，加足量冷水，大火烧沸后转小火慢煮40分钟。此时米粒开始开花、芡实边缘呈半透明状，再下入洗净的茯苓丁。茯苓若煮得太久，内部会变得粉散，汤色浑浊，因此后下并控制时长在20至25分钟之间，能保持汤清且有效成分溶出。
火候与水量需固定比例。按体积计算，三宝总量与水的比例约为1:8，即一碗干货配八碗水。全程保持微沸状态，水面有鱼眼泡翻动即可，避免大火翻滚使汤液变稠腻。煮至总时长约65分钟后，关火加盖焖10分钟，焖的作用是让茯苓内部余温继续释放胶质，汤色转为浅米色，口感顺滑不涩。
食用时区分汤与渣。有效成分部分溶于汤中，部分仍留于食材内部，因此建议连汤带渣一同食用，但需将茯苓丁挑出咬碎吞咽，或提前用纱布袋装茯苓同煮，煮后挤净汤汁再弃袋。若消化功能偏弱，可将煮好的三宝用料理机打成糊状，加热后食用，这样吸收更均匀；若偏好清利口感，则只喝汤，渣可另作粥饭搭配。
频次与搭配宜因人调整。一般建议每周煮2至3次，每次食用一小碗（约200毫升）。若感觉汤味偏淡，可加入两片生姜或几颗红枣同煮，以调和淡渗之性；若体内干燥明显，则应减少茯苓用量并缩短煮时。观察食用后晨起舌苔与大便形态的变化，再决定下一周是否继续保持同一煮法，比固定方子更为稳妥。